L'EGDS è eseguito utilizzando un gastroscopio, che è un tubo sottile munito di una specie di telecamera, che, una volta entrata all'interno del corpo attraverso la bocca, fornisce direttamente immagini su un monitor. E' un esame indolore anche se un po' fastidioso. Dura pochi minuti ed è eseguito in anestesia locale soprattutto allo scopo di effettuare prelievi della mucosa da sottoporre a successiva analisi al microscopio (cioè per eseguire una biopsia). Alternativamente l'EGDS è usata per effettuare piccoli interventi assolutamente indolori come asportazione di polipi (escrescenze della pelle o delle mucose), trattamenti di varici esofagee (dilatazione delle vene che avvolgono l'esofago) e controllo di eventuali emorragie in atto.