Si tratta di una situazione acquisita (che cioè non è presente alla nascita, ma si manifesta durante la vita), caratterizzata dalla comparsa di autoanticorpi contro i fosfolipidi. Gli autoanticorpi, in quanto sostanze prodotte dallo stesso organismo contro se stesso (gli organismi autoimmuni, infatti, riconoscono come estranee alcune proprie sostanze e cercano di eliminarle con la produzione di tali anticorpi), bloccano alcuni fattori della coagulazione, vale a dire varie proteine (identificate con un numero romano) che intervengono nelle varie fasi della coagulazione (l'insieme dei processi che portano alla solidificazione del sangue). La trombosi è una conseguenza dell'alterazione del meccanismo della coagulazione.