E' l'insieme delle tecniche diagnostiche dell'apparato digerente eseguite dall'interno degli organi (endoscopiche). Si usano dei tubi sottili (endoscopi) muniti di una specie di telescopio, che, una volta entrati all'interno del corpo, forniscono immagini direttamente su un monitor. Ciò rende possibile studiare l'apparato digerente individuando l'eventuale presenza di malattie. E' possibile, inoltre, prelevare, con appositi strumenti, frammenti di tessuto da sottoporre a esame istologico (studio dell'insieme delle cellule che lo costituiscono), con possibilità di asportazione mirata (cioè eseguita nel punto esatto) della lesione (massa di cellule danneggiate) da studiare. Tra le tecniche più usate ci sono la colonscopia (esame dell'interno del colon, che è parte dell'intestino), gastroscopia (esame dell'interno dello stomaco), ecc..