A differenza delle allergie alimentari, consistenti in reazioni legate alla risposta del sistema immunitario alla presenza di una sostanza ritenuta estranea (allergene), non si ha produzione delle IgE, particolari sostanze (anticorpi) che reagiscono contro l'allergene. Le tipologie principali di intolleranza alimentare sono tre: 1) intolleranze enzimatiche, che sono malattie genetiche dovute alla mancanza degli enzimi (sostanze che velocizzano i processi che avvengono all'interno degli organismi) incaricati della trasformazione di alcune sostanze presenti negli alimenti; 2) intolleranze farmacologiche, dovute alla presenza, in alcuni alimenti, di sostanze dotate di attività farmacologica (ad esempio la caffeina); 3) intolleranze agli additivi alimentari, che sono provocate da coloranti, addensanti, conservanti, ecc. usati nell'industria alimentare. A differenza di quanto avviene nel caso delle allergie alimentari, i disturbi derivanti dalle intolleranze alimentari compaiono dopo un certo periodo di tempo dal consumo dell'alimento responsabile. Accade, infatti, che l'organismo mette in atto una serie di meccanismi compensatori per cui riesce a tollerare una determinata sostanza fino a quando, superato un certo limite (che viene definito livello di soglia) si arriva alla manifestazione del disturbo. Ciò fa sì che spesso sia molto difficile individuarle. E' bene rivolgersi immediatamente al proprio medico in caso di comparsa di sintomi altrimenti inspiegabili (senso di stanchezza, gonfiore, mal di testa, sfoghi sulla pelle, asma), che potrebbero stare ad indicare la presenza di intolleranza alimentare. Questi eventualmente indirizzerà ad opportuno specialista che provvederà all'esecuzione dei test di tolleranza alimentare finalizzati alla ricerca della o delle sostanze per le quali il soggetto risulta intollerante. Gli alimenti che possono causare intolleranza sono: latte e latticini, lieviti, frumento, oli vegetali, olio di oliva, ecc..