L'anatomia patologica studia la forma e la struttura degli organi e dei tessuti malati, per definirne la natura e stabilire una terapia. Lo studio dei tessuti (istologia) è effettuato al microscopio. Si possono utilizzare sia tessuti freschi, sia tessuti conservati (con formaldeide), dopo averli opportunamente trattati in modo da poter essere visibili (colorazioni standard, istochimiche ed immunoistochimiche). Gli studi possono essere eseguiti sia su piccoli campioni di cellule vive (biopsia), sia su organismi morti (autopsia). Questo ultimo caso, finalizzato a stabilire le cause della morte, riveste un ruolo di primaria importanza in campo medico legale.