Il latte è assieme all'uovo l'alimento più allergizzante, ovvero può stimolare una reazione allergica da parte dell'organismo. Questa sua caratteristica è determinata dalle alcune proteine in esso contenute: alfa lattoalbumina, betalattoglobulina e caseina. L'allergia alle proteine del latte di mucca è abbastanza frequente nel primo anno di vita e può provocare sintomi di tipo gastroenterico (diarrea, vomito, rigurgiti, coliche gassose, ecc. con conseguente scarso accrescimento), manifestazioni alla pelle come la dermatite atopica (malattia associata ad atopia, ovvero formazione nel sangue di anticorpi specifici, che colpisce soprattutto il volto e le zone del corpo in cui gli arti si piegano) e l'orticaria (irritazione della pelle e delle mucose, caratterizzata da eruzioni cutanee con prurito locale) o disturbi respiratori (ad esempio la rinite, ovvero un'infiammazione delle vie nasali). Più sintomi diversi possono essere presenti nello stesso soggetto. Alcuni soggetti allergici al latte sviluppano anticorpi specifici (F76 ovvero delle IgE). Va precisato, però, che il dosaggio delle IgE specifiche o i test cutanei (prick test) risultano positivi solo circa nel 60% dei casi.